בשבועות האחרונים שב לשיח הציבורי הדיון ארוך השנים על פיצול תפקיד היועץ המשפטי לממשלה. ועדת השרים לענייני חקיקה אישרה את הצעות החוק שלפיהן התפקיד יפוצל לתובע כללי וליועץ משפטי לממשלה. הצעות החוק של ח"כ חנוך מילביצקי מהליכוד וח"כ מישל בוסקילה מהימין הממלכתי מבקשות, כל אחת באמצעות מנגנונים שונים, לשנות מן היסוד את תפקיד היועץ המשפטי לממשלה.
אולם שאלת פיצול מוסד היועץ המשפטי לממשלה מטשטשת את השאלה העיקרית והחשובה יותר, שליוותה את התפתחות מוסד היועץ המשפטי מאז קום המדינה: שאלת עצמאות שיקול הדעת והעצמאות האישית של הנושא בתפקיד זה. יש טעם רב בפיצול התפקיד, לצד שיקולים כבדי משקל בהותרת המצב הקיים. אך השאלה העיקרית שצריכה להיות במוקד השיח היא האם פיצול התפקיד יכרסם בעצמאות שיקול הדעת ובניטרליות הפוליטית של שני בעלי התפקידים החדשים או של אחד מהם, אם אכן התפקיד יפוצל.
בכל תפקידיו המקצועיים ובהפעלת סמכויותיו השונות נהנה היועץ המשפטי מעצמאות אישית ומעצמאות מקצועית בהפעלת שיקול הדעת, ואין שר המשפטים או הממשלה רשאים להתערב בשיקול דעתו המקצועי. כבר בשנות ה־60 עמדה ועדת אגרנט על כך שבבואו למלא את תפקידו בתחום הפלילי, חייב היועץ המשפטי לממשלה להיות בן חורין ועצמאי בשיקוליו ובהחלטותיו. הובהר כי אין בעצמאות זו כדי לפגוע באפשרותו של היועץ לעבוד בשיתוף פעולה עם הדרג הפוליטי ולהיוועץ בו בסוגיות שונות בתחום אכיפת החוק.
בהמשך, הושרש עקרון עצמאות פעולותיו ושיקול דעתו של היועץ לכל תחומי פעולתו, כולל בתחומי הייעוץ והייצוג של הממשלה, ולא רק בתחום ההליכים הפליליים. ועדת שמגר עמדה על כך בציינה כי "היועץ המשפטי לממשלה הוא עובד ציבור בעל שיקול דעת מקצועי עצמאי ובלתי תלוי ברשויות השלטון אשר מינוהו בכל הנוגע לפעולתו המקצועית. על שיקוליו להיות אובייקטיביים ובלתי מפלגתיים. עליו להיות איש מקצוע בכיר ביותר, אשר מקורות סמכותו בכל תפקידיו הם מקצועיותו, יושרו ועצמאותו".
"שני שרי משפטים"
הניסיונות הגלויים לשנות את הנורמה בדבר עצמאותו של היועץ המשפטי לממשלה מלווים את התפקיד מימי ראשית המדינה. בשנת 1958 הציע ח"כ יצחק רפאל מהמפד"ל כי היועץ המשפטי לממשלה ימונה על ידי הכנסת, בדומה לנשיא המדינה ולמבקר המדינה, ולא על ידי הממשלה. בדרך זו, לדעת המציע, יהיה היועץ כפוף במישרין לכנסת.
בשנת 1960 הגיש ח"כ יוסף סרלין ממפלגת הציונים הכלליים הצעת חוק לביטול תפקידו של היועץ המשפטי לממשלה ולהעברת כל סמכויותיו לידי שר המשפטים. הוא נימק את הצעתו בכך שהיועץ המשפטי לממשלה הוא בלתי תלוי ואינו כפוף לשר המשפטים, ובמצב זה הוא נטול כל ביקורת פרלמנטרית חרף הסמכויות הרבות המופקדות בידיו.
בשנת 1962 התחולל משבר ביחסי היועץ המשפטי לממשלה ושר המשפטים, שתוצאותיו מהוות אבן יסוד בביסוס עצמאות שיקול הדעת של היועץ המשפטי בשיטת הממשל הישראלית. שר המשפטים דב יוסף לא הסכים לקבל את המציאות שנוצרה במשרד המשפטים מאז קום המדינה, שבה מכהנים במשרד המשפטים "שני שרי משפטים". מולו ניצב איתן היועץ המשפטי לממשלה גדעון האוזנר, שזכה לתהילה רבה בזכות תפקידו כתובע הראשי במשפט אייכמן. השר יוסף ביקש לשנות את המנהג שנוצר והחל לתת הנחיות ליועץ המשפטי לממשלה בתחום אכיפת החוק.
הוויכוח בין השניים הוביל לפילוג ולשיתוק בעבודת משרד המשפטים. לבסוף, החליטה הממשלה למנות ועדת משפטנים לבחינת סמכויותיו של היועץ המשפטי לממשלה בראשות שופט של בית המשפט העליון שמעון אגרנט. חוות הדעת של הוועדה קיבלה, כמעט במלואה, את עמדתו של היועץ המשפטי לממשלה שלפיה הוא מפעיל את סמכויותיו בעצמאות מלאה ואין הוא כפוף להוראותיהם של שר המשפטים או של הממשלה.